RomeⅢ标准将FGIDs分为8个类别，其中成人6类，儿童2类。共28种成人和17种儿童功能性胃肠疾病。
A：功能性食管疾病
A1：功能性烧心
A2：食管源性功能性胸痛
A3：功能性吞咽困难
A4：癔球症
B：功能性胃-十二指肠疾病
B1：功能性消化不良
B1a：餐后不适综合症
B1b：上腹疼痛综合征
B2：嗳气
B2a：吞气征
B2b：非特异性过度嗳气
B3：恶心与呕吐
B3a：慢性特发性恶心
B3b：功能性呕吐
B3c：周期性呕吐综合征
B4：成人反刍综合征
C：功能性肠道疾病
C1：肠易激综合征
C2：功能性腹胀
C3：功能性便秘
C4：功能性腹泻
C5：非特异性功能性胃肠道疾病
D：功能性腹痛综合征
E：功能性胆囊和Oddie’s括约肌疾病
E1：功能性胆囊疾病
E2：功能性胆管括约肌疾病
E3：功能性胰管括约肌疾病
F：功能性肛门直肠疾病
F1：功能性大便失禁
F2：功能性大便疼痛
F2a：慢性肛门痛
F2a1：肛提肌综合征
F2a2：非特异功能直肠
肛门疼痛
F2b：痉挛性肛门疼痛
F3：功能性排便疾病
F3a：排便协同失调
F3b：不当的排便推进动作
G：婴幼儿功能性疾病
G1：婴儿反食
G2：婴儿反刍综合征
G3：周期性呕吐综合征
G4：婴儿腹绞痛
G5：功能性腹泻
G6：婴儿排便困难
G7：功能性便秘
H：儿童及青少年功能性疾病
H1：呕吐及吞气征
H1a：青少年反刍综合征
H1b：周期性呕吐综合征
H1c：吞气征
H2：腹痛相关胃肠道疾病
H2a：功能性消化不良
H2b：肠易激综合征
H2c：周期性腹痛
H2d：儿童期功能性腹痛
H2d1：儿童期功能性腹痛综合征
H3：便秘与失禁
H3a：功能性便秘
H3b：非潴留性大便失禁
RomeⅢ诊断标准
（1）病程半年以上且近3个月来持续存在腹部不适或腹痛，并伴有下列特点中至少2项：①症状在排便后改善；②症状发生伴随排便次数改变；③症状发生伴随粪便性状改变。
（2）以下症状不是诊断所必备，但属常见症状，这些症状越多越支持IBS的诊断：①排便频率异常（每天3次或每周3次）；②粪便性状异常（块状/硬便或稀水样便）；③粪便排出过程异常（费力、急迫感、排便不尽感）；④黏液便；⑤胃肠胀气或腹部膨胀感。
（3）缺乏可解释症状的形态学改变和生化异常
RomeⅢ的创新之处
强调腹痛或腹部不适与排便、排便习惯及粪便性状改变具有相关性是IBS症状最突出的特点，是IBS与其他功能性肠病和功能性腹痛的区别之处。
对病程的要求由RomeⅡ标准的12个月缩短为6个月，并强调最近3个月症状的“活动性”（即符合诊断标准），反映了本病慢性、反复发作的特点，使器质性疾病，特别是肠道肿瘤的漏诊几率降低
将排便后症状“缓解”修改为“改善”，主要是考虑到部分IBS患者的腹痛或腹部不适在排便后有减轻，但未达到完全消失
IBS患者可有排便频率和粪便性状的改变，排便费力、排便急迫感、排便不尽感，排黏液以及腹胀等，这些症状并未列入诊断标准，但属常见症状，这些症状越多越支持IBS的诊断
仅依据粪便性状这一最可靠的指标来进行疾病分型，具有一定的实用性和可操作性。同时配以Bristol粪便性状量表，使临床医生及患者一目了然，记忆深刻
支持IBS诊断的症状累积
大便频率异常（异常定义为排便每天多于三次及每周少于三次）
大便性状异常（粗、硬便或稀、水便）
排便过程异常（摒力、便急或排便不急感）
粘液便
气胀或腹胀感
功能性肠病的诊断均假设症状没有结构性和生化性解释
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