引起肠易激综合症的确切原因还没有找到，这也许就是传统的治疗方法只能起到部分作用的原因所在。也就是说，它们注重的只是症状，而没有了解肠的生理变化。但是益生菌却能持久地改善肠的机能——这真是件令人兴奋的事丨
那么，肠到底发生了怎样的变化呢？由于某些原因，胃肠道受到了病原细菌（有害细菌）的攻击。只要这些细菌中的一种在肠中的数量增加，就会引发肠易激综合征的所有症状。
当身体出现像肠易激综合征这类症状时，使用大量的益生菌能够产生几个方面的作用——所有的作用都是积极的！首先，好的细菌能够将部分有害细菌赶出体内。其次，益生菌产生的天然抗生素能够杀死部分有害细菌。再者，益生菌将刺激身体产生自己的抗生素，这种抗生素不仅能够打败有害细菌，还能矫正身体对有害细菌产生的过度免疫反应。最后，益生菌还能够创造或改善它们周围的环境，从而稳定胃肠道的pH值，使其保持正常水平。一旦这一目的达成，病原细菌自然会受到抑制，因为它们不能适应这种pH值(记住，pH值只是简单地说明了某一特定环境中酸的含量——例如胃肠道环境）。
使用益生菌降低胃肠道中有害细菌的数量还具有一种有趣的作用有害细菌会死掉。不管你信不信，这是件好事！一旦有害细菌死去，它们的细胞体会分解，然后释放出当初使它们转变的具有高度毒性的成分。这样的话，即使它们死掉了，还是会损害身体。事实上，这种情况通常会引发“治疗危机”，即使是那些已经取得初步疗效的病人也不例外。当有害细菌被杀死时，这个人最初会感到状况变糟。这种感觉通常会持续几天，但如果过程较慢，也有可能持续两周之久。
酶不足在肠易激综合征中也扮演了重要魚色。当身体储存了大量的酶的时候，就会在消化食物方面产生困难。通过大量地补充益生菌，身体所得到的不只是这些有益有机体，还有活跃在这些细胞中的真正的有益酶。有了这些酶，身体就能消化自身的酶消化不了的食物。举个例子，使用一种叫做“无屁豆’的酶产品来缓解由吃豆类食物引起的胀气是一种非常常见的方法。这种产品之所以奏效是因为它含有能够消化豆子中特殊糠分的酶。身体很难消化这种糖，因为它不能产生支持这一消化过程所必需的特殊酶（有趣的是，某些益生菌天生含有大量的这种酶）。如果这些糖不能被消化，它们就会与胃肠道中的有害细菌取得联系，肠易激综合征患者体内通常有大量这样的细菌，它们非常喜欢这些糖！事实上，它们是如此喜欢这坚糖，所以会竭尽所能吃掉它们。而一旦它们这样做了，唯一的结果就是胀气。
益生菌中的植物益生菌能够成功地缓解肠易激综合征的疼痛和胀气。一般情况下，大约亿个益生菌会被使用。这听起来是个相当可怕的数量，但事实上不是。设想一下，一份新鲜的自制酸奶酪就可能含有几千万个有机体。正如前面提到的，虽然肠易激综合征不会引起炎症5但是炎症却是这种病的症状之一（至少对某些患者来说是这样的）。益生菌在这方面也能发挥作用，因为当出现这一情况时，一定数量的益生菌似乎能够减少炎症。人们普遍承认，益生菌能够通过督促身体产生抗体达到这一效果。简单说，身体会产生对免疫反应很重要的多种不同产品，其中包括抗体。抗体种类繁多，每一种都具有独特的性质。一种被叫做IgA的抗体非常有趣，因为它不仅作为一种抗体进行活动。也就是，约束进入身体的有害细菌—而且还具有反馈功能，能够帮助减少免疫反应。它好像在对身体说:喂，一切都在我的掌握中了。”在这一过程中，IgA还能转移另外一种作用于糖尿病和过敏反应的抗体。
还是那句话，益生菌不仅能分解我们所消耗的食物，还有益于身体细胞的健康和安宁。例如，一般情况下，它们能为结肠细胞或排列在胃肠道中的细胞提供天然屏障。当病原细菌在胃肠道中过度增长时，它们会产生具有高度毒性的化合物。其中一种叫做缩氨酸的蛋白质具有毁坏作用。这些毒素能够跨过身体的天然屏障（排列在胃肠道中的细胞），然后进入体内。而益生菌可以占领或者说重新占领胃肠道，使其恢复正常状态，阻止这些病原有机体的增长。
已经有多项研究证明了益生菌与肠易激综合征的关系及其疗效。肠易激综合征患者与健康的对照人群相比，他们肠内的菌群较不平衡，乳杆菌和双歧杆菌的数量较低。
在瑞典进行的一项研究证实：6位肠易激综合征患者通过连续服用4周、每天服用一定剂量的益生菌（植物乳酸菌)进行治疗后，他们的胀气和腹痛症状明显减弱，胃肠道功能得到改善。还有其他研究显示，—些患有肠易激综合征的人使用了包含益生菌在内的自然生物疗法后，竟令人惊奇地疫愈了。
年，日本东京大学的科学家用双歧杆菌营养食品喂养37个个月大的健康婴儿，为期21天，研究益生菌对肠道菌群和代谢产物的影响。在71%的受试者粪样中发现了双歧杆菌，粪便中的腐败物明显减少，乙酸水平也升高了。可见，益生菌食品有助于增进肠道菌群的平衡。
年，一项英国的研究把40例肠易激综合征患者分成两组，治疗组20例服用乳杆菌制剂，对照组20例口服安慰剂，连续4周。结果发现：治疗组20例腹痛消失，6例便秘正常，19例症状改善，而对照组仅有11例腹痛消失。
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