现代医学在其发展过程中，由于其世界观和方法论越来越局限于唯物论和科学的方法论，因而丢失了医学本应有的很多的内容和方法，所以，不可避免的存在很大的缺陷和认识上的误区或困惑。
?一、疾病机理上的困惑
疾病是一个及其复杂的过程。在治病因子和机体反应功能的互相作用下，患病机体有关部分的形态结构和功能都会发生种种改变，这就是研究和认识疾病的重要依据。
病理学的发展，在人类探索和认识疾病的过程中应运而生。它的发展自然受到人类认识自然能力的制约。当人们还只能依赖肉眼和简单的放大镜观察事物时，便只能产生器官病理学；只有到了显微镜和细胞学问世以后，才有可能诞生细胞病理学。
半个世纪以来，由于电子显微镜技术，特别是一系列有关新方法、新技术的相对建立，对病理学的发展产生了深刻的影响，促使病理学已不仅从细胞和亚细胞水平，而且深入到从分子水平、从人类遗传基因突变和染色体畸变等去认识疾病，研究疾病的起因和发病机制。
现代医学在病理上的进步有目共睹，但离完整解释疾病病因病机，其现实状况并不乐观。许多疾病，诸如原发性高血压、心肌病、冠心病、糖尿病、慢性肾小球肾炎、再生障碍性贫血、白血病、结缔组织病等等，至今病因不明。
虽然已经知道某些因素可以导致各种恶性肿瘤，但是对于这些病因引发恶性肿瘤的具体环节，仍然没有完全弄清楚，导致至今仍缺乏有效预防和治疗恶性肿瘤的方法。有些看起来非常简单的体表疾病，如老年斑、扁平苔藓、脂溢性皮炎、神经性皮炎、银屑病、白癜风、脱发等病因，仍然是一团迷雾。
命名为“综合症”的疾病，大多是疾病病因或者机理不清的一系列症状。目前，有关综合症的疾病数以万计，随便列举一下，就有肾病综合症。、美尼尔综合症、帕金森综合症、预激综合症等。肆虐中国“非典”，实际上应该称为“严重急性呼吸系统综合症”。
病因病机不明，治疗因此多采用对症处理。这些治疗在缓解疾病症状的同时，产生的副作用也显而易见。症状的缓解虽然减轻了患者的痛苦，但也会破坏疾病的自然进程，有时候是越治越重，甚至断绝了疾病自然痊愈的希望。
二、诊断的现状与缺陷
现代医学诊断疾病的方法，包括询问病史、检体诊断、实验诊断、X线诊断及其他诊断技术。实验室诊断可谓洋洋洒洒、其项目众多，难以一一列举，其中的分子生物学技术、染色体检查、人类基因组的破译是当今最尖端的技术。
X线诊断从早期X透视、拍片到CT即X线计算机断层扫描、核磁共振等，代表着现代医学最高级和权威的技术。其他诊断技术包括有心电图、超声波、心向量图、心音图、脑电图、红外线扫描、肌电图及纤维结肠镜等，其中超声波已经从A超发展到今天的B超，B超也从光有黑白图像发展到了彩色、黑白并存。
现代医学先进的诊断措施，为疾病的诊断提供了方便，但是以目前最先进的影像检查手段来说，检查结构也只能提示病变可能是什么，或者说像什么病。即使是目前最尖端的分子生物学技术、染色体检查、人类基因组的破译，在人类疾病诊断中的作用依然是有限的。
癌症如果能够早期发现，其治疗效果决不至于像今天我们所见到的现状。但没有一项早期敏感的检查手段，能够让我们的癌症萌芽期间就给我们提供准确的诊断的信号。
常规的实验室诊断，如血常规、尿常规、大便常规、血液生化等具有极大的不稳定性，只能作为诊断参考。心电图、脑电图、红外线扫描这些听起来很现代的检查手段，临床意义也十分有限。
所有这些诊断仪器构成了西医庞大的辅助治疗系统，在增加疾病诊断正确率的同时，医疗成本也极大的提高，许多人由此看不起病，医务人员对他们的依赖性逐步加强，以至于许多医生离开了这些设备就看不了病。
三、治疗的现状与缺陷
如果将痊愈定义为“完全恢复”——恢复正常组织结构，恢复正常功能状态——那么，就当今医学能力来说，多数疾病无法达到。
原发性高血压、心肌病、冠心病、糖尿病、肾病综合症、慢性肾小球肾炎、重症肌无力、癫痫病等等，均缺乏根治方法，细细统计一下，我们可能发现，80%左右的内科疾病，如果机体抵抗力强，也可不经过治疗而自行恢复。
许多慢性病的病变过程具有不可逆行。不少中老年人都患有一些退行性疾病，他们认为，只要治疗就能恢复到从前，但就目前的医学治疗能力来说，这些慢性疾病病变过程实际上是完全不可逆行的。
许多人对此不了解，更不理解，总以为所有的病变都可以逆转，因此抱着不切实际的希望。慢性咽炎、慢性支气管炎、肺气肿、慢性胃炎、慢性肠炎等等无不如此。
在医学临床统计概念中，只要消除了症状体征，就可以称为“临床痊愈”，临床痊愈的病人，实际上病变组织并没有发生根本的转化。
疾病晚期多脏器管功能衰竭，诸如糖尿病、肝硬化、慢性肾功能衰竭，以及晚期恶性肿瘤患者，现代医学完全茫然。最好的医生，用当今最好的设备，均无法挽救患者的生命。
各种恶性肿瘤至今仍无治愈的良策，化疗、放疗都有很大的副作用，介入治疗的效果还不能确定，外科手术切除也无法从根本上解决问题，患者还将面对一系列风险。
艾滋病、埃博拉病毒、疯牛病、刚果热、猴痘、非典型肺炎、禽流感等新的疾病不断涌现，至今仍未有非常有效的治疗措施。
肥胖、脱发、近视、毒品成瘾介于疾病和非疾病之间，与人类生活质量密切相关，现代医学目前根本没有任何实质性的突破。
事实上，现代医学除了在部分细菌感染引起的疾病、外科手术及介入治疗、急救、预防接种这几个方面有实实在在的完全效果以外，其他的治疗大多属于暂时控制、延缓病情之列。
（文本选自百川《健康新主张》一书节段，作者：黄开斌）
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